J'utilise Photomatix, directement sur les images
raw avec sortie en 16 bits sans redimensionner l'image.
Il est important de bien choisir la preview size (512/768/1024) car si trop faible alors le résultat obtenu sera différent de celui vu en preview.
C'est peut-être le pb avec Qtpfsgui, différence entre nb de pixels affichés / nb de pixels sur lequel le programme travaille), ce qui donne des résultats différents avec les mêmes réglages.
Pour résumé, je ferais le traitement
HDR sur les images brutes, avec des réglages qui conduisent au résultat attendu puis je redimensionnerais l'image en 1024px ou en 256px avec des résultats constants.