Le plus complet est
Gimp. Son défaut principal est de ne travailler qu'avec une profondeur de couleur de 8 bits. Il est installé par défaut en général.
Cinepaint (anciennement FilmGimp) est basé sur une ancienne version de Gimp et apporte le support de profondeurs de couleurs plus importantes. En revanche le fait qu'il soit issu d'une branche ancienne se ressent clairement et on dispose de moins d'outils.
Krita est également intéressant et travaille en 16 ou 32 bits mais est pour l'instant moins complet que Gimp. Il fait désormais partie de Koffice (la suite bureautique de KDE) mais on peut souvent l'installer seul.
Enfin de nombreux d'outils moins interactifs comme les pbmtools ou les suites ImageMagick ou GraphicsMagick ou bien d'autres permettent beaucoup de traitements.
Il existe de nombreux autres outils mais après tout dépend de ce qu'on veut faire, des outils qu'on connaît déjà, de ses contraintes financières ou idéologiques, etc.